Количество экспонатов в основном фонде Государственного музея природы Узбекистана составляет 363 059, в том числе 356 722 энтомологических коллекций насекомых, 4 409 зоологических коллекций и 1 928 геологических коллекций. Коллекция насекомых составляет 97% музейного фонда.
Коллекция из 136 538 насекомых, собранная энтомологом В. И. Обуховой в 1937-1940 годах, хранится в основной коллекции Государственного музея природы Узбекистана.
Количество экспонатов научно-вспомогательного фонда – 1265. Среди них 987 ботанических материалов, зоологических объектов, диорам, моделей, 125 геолого-географических экспонатов, 153 портрета ученых, эскизов, фотографий передвижной выставки.