O‘zbekiston davlat tabiat muzeyining asosiy fondi eksponatlar soni 363 059 dona bo‘lib, entomologiyaga oid 356 722 dona hasharotlar kolleksiyasi, zoologiyaga oid 4409 dona kolleksiya va geologiyaga oid 1928 dona kolleksiya namunalari saqlanib kelinmoqda. Muzey fondining 97 % ni hasharotlar kolleksiyasi tashkil qiladi.
O‘zbekiston davlat tabiat muzeyining asosiy fondida 1937-1940 yillarda entomolog V.I.Obuxova tomonidan yig‘ib keltirilgan 136 538 dona hasharotlar kolleksiyasi saqlanib kelinmoqda. 
Ilmiy yordamchi fonddagi eksponatlar soni 1265 ta. Shundan Botanik materiallar, zoologik ashyolar, diorama, maketlar 987 ta, Geologiya-geografiyaga oid eksponatlar 125 ta, Olimlar portreti, Etyudlar, Ko’chma ko‘rgazma rasmlari 153 ta.